미래의 지구로부터 1991년의 과거 지구로 두 테미네이터가 찾아온다. 하나는 전편의 운명의 여신 사라 코너가 출산한 미래의 영웅, 존 코너를 보호하기 위해 또 하나는 그의 심장을 빼앗기 위해. 존 코너는 보호임무를 띤 터미네이터와 함께 T1000이라는 그를 없애려는 다른 터미네이터를 피해 다니며 정신병원에 있는 어머니 사라를 구해낸다.그리고 미래의 가공할 컴퓨터 스카이넷의 기초가 되는 전자칩을 발명한 과학자를 찾아가서 미래에 다가올 기계에 의한 인간의 지배를 막으려 한다.
계속되는 T1000의 추적속에서 생명의 위협과 정면으로 맞서 싸우는 코너 모자는 과연…….?