데빈 빌리어스 박사가 연회장에서 보이지 않는 무언가에 의해 공격을 받고 목이 잘려 숨지는 사건이 발생한다. 사건 현장에서 수사중인 형사 터너와 리사에게 국방부 관계자와 라이즈너 연구소의 책임자 윌리엄 박사가 찾아와서 수사권을 국방부로 넘기고, 대신 생물학 박사 매기 댈턴의 보호 경호를 맡는 임무가 주어진다. 그런데 매기를 경호하던 리사가 침입자의 공격을 받고 곧이어 마치 기다렸다는 듯이 군병력이 출동하여 매기의 집을 에워싼다. 매기는 바로 그 침입자를 잡기 위한 미끼였던 것이다.
파트너 리사가 이런 작전에 희생되자 터너는 몹시 분개하고, 더군다나 매기의 보호 관할을 FBI로 넘기라는 상부의 지시에 파트너 리사의 죽음을 자신이 밝혀내리라 다짐하고 매기를 탈출시킨다. 터너는 매기에게 ‘침묵의 기사’라는 암호명으로 국가적 비밀병기를 만드는 투명인간 실험에 대해 듣게 되고, 보이지 않는 그 누군가가 마이클 그리핀이라는 사실을 알게 된다.
매기와 터너는 부작용으로 흉측하게 변한 두번째 실험자인 로렌츠를 만나 ‘침묵의 기사’ 프로젝트의 음모에 대하여 듣게 된다. 바로 투명인간 실험은 국가 안보가 아닌 권력자들의 정치 싸움으로써 정적 제거에 이용되고 그 음모를 감추기 위하여 무고한 시민들까지 살해했다는 것을 알게 된다.
매기는 타임스 신문사를 통해 모든 것을 폭로하려 하지만, 투명인간의 치명적인 흠인 빛을 쏘이면 세포가 파괴되는 끔찍한 부작용을 앓고 있는 마이클은 동생 헤더를 인질로 잡고 매기에게 완충제를 만들어내라며 실험실로 끌고 간다. 한편, 프랭크는 자신과 매기를 쫓고 있는 특수부대에 의해 잡힐 위기에 처하자 투명인간이 되는 혈청을 직접 주사하게 되는데…
