EPISODE 1(THE ENEMY WALKS IN)
카지노의 연구실 폭파에 성공하고 탈출하던 중 붙잡힌 시드니 앞에 카지노의 상관이 나타난다. 놀랍게도 카지노의 상관은 바로 죽은 줄 알았던 그녀의 엄마 아이리나 드레브코. 그러나 아이리나는 30여년 만에 재회한 딸 시드니를 향해 방아쇠를 당기는데….
EPISODE 2(TRUST ME)
CIA에 투항한 아이리나는 오직 시드니에게만 정보를 주겠다며 침묵하고, 시드니는 어머니를 만나지 않겠다고 거절한다. 이 와중에 SD-6의 명령으로 아이리나가 유명인사 협박에 사용했던 디스켓을 탈취하던 시드니는 엄마의 경고를 무시했다가 위기에 빠지는데….
EPISODE 3(CIPHER)
최첨단 정찰 카메라를 위성에 장착해 궤도에 쏘아 올리려는 샤크의 계획을 간파한 CIA는 시드니를 위성발사기지에 급파한다. 시드니가 목숨을 걸고 부착한 추적장치는 샤크가 찾는 것이 시베리아 얼음동굴속에 숨겨진 램발디의 뮤직 박스임을 알려주는데….
EPISODE 4(DEAD DROP)
아이리나의 조직운영 지침서를 찾아 마다가스카르로 날아간 시드니와 본. 그러나 아이리나를 시드니에게서 떼어놓기 위해 지침서를 숨겨놓은 집에 함정을 만든 잭은 폭발직전 시드니가 폭약을 발견하게 만든다. 시드니는 어머니의 2번째 배신에 절규하는데…
EPISODE 5(THE INDICATOR)
폭약이 설치된 것을 은폐한 것으로 판단한 CIA는 아이리나에게 사형을 구형한다. 어머니의 배신을 계기로 아버지 잭과 더욱 가까워진 시드니. 그러나 잭이 자신을 차세대 무기의 원형인 ‘크리스마스 프로젝트’의 실험대상을 삼았다는 것을 알고 경악하는데…
EPISODE 6(SALVATION)
자신의 인생을 스파이로 프로그래밍한 아버지에게 분노한 시드니는 잭을 CIA 당국에 고발할지를 두고 갈등한다. 한편, 비엔나에 있는 샤크가 개발 중인 치명적 바이러스를 연구하는 시설에 침투한 시드니와 잭은 실험중인 감염자의 혈액 채취에 성공하는데….
EPISODE 7(THE COUNTER AGENT)
카시노의 실험실이 폭발했을 때 바이러스에 노출된 본에게 죽음의 그림자가 드리운다. 시드니는 유일한 치료제인 혈청을 구하기 위해 아이리나가 알려준 연구실로 잠입하고, 발각될 위험을 무릅쓰고 혈청을 제조하여 탈출하던 중 샤크에게 사로잡히는데…
EPISODE 8(PASSAGE-PAR 1)
샤크가 제공한 정보를 토대로 국제정보브로커에게서 우즈베키스탄군의 암호 코드를 구해오라는 명령을 받은 시드니. 이번 작전의 실체를 파악할 수 없던 시드니는 아이리나를 찾아가지만, 그녀는 자신을 직집 보내주지 않으면 밝힐 수 없다며 고집하는데…
EPISODE 9(PASSAGE-PART 2)
핵탄두를 해체하기 위해 카슈미르로 떠난 시드니와 잭. 아이리나는 반군에게 들켜 장비를 빼앗겨 제대로 무장도 못한 채 반군 기지로 향한다. 그러나 인도 정부는 파키스칸 반군의 손에 핵폭탄이 들어가는 것을 막기 위해 선제폭격을 하기로 결정하는데…
EPISODE 10(THE ABDUCTION)
정보수집 능력을 인정받은 윌은 리서치 요원이 되기 위해 심리테스트르 받게 된다. 한편, 첫 번째 작전을 망친 샤크는 슬론의 의심을 받자 쿠베가 갖고 있는 감시 장치에 대한 정보를 제공하고, 시드니는 어쩔 수 없이 샤크와 함께 임무수행에 나서는데….
EPISODE 11(A HIGHER ECHELON)
에슐론 프로그램이 다시 쿠베의 손아귀에 들어갈 가능성이 커지고, 설상가상으로 마샬이 실종직전, 에슐론 프로그램을 SD-6로 배냈음이 밝혀진다. 이제 방법은 에슐론에 접근하는 엑세스포인트를 차단하는 것 뿐. CIA는 아이리나에게 도움을 요청하는데….
EPISODE 12(THE GETAWAY)
자이로스코프의 원형을 바꿔치기하려다 케인의 부하들에게 습격당한 마이클과 시드니. 가까스로 위기를 모면한 뒤 마이클은 의심을 받지 않으려면 SD-6에 진짜를 넘겨주라고 지시한다. 한편 슬론은 앨리언스의 추적장치를 제거하고 필리핀으로 향하는데…
EPISODE 13(PHASE ONE)
사라진 슬론을 대신하여 SD-6에 전직 독일 비밀요원 출신의 가이거가 새 부장으로 부임한다. 가이거가 슬론의 비밀 파일에 접근할 무협, 시드니는 샤크로부터 앨리언스의 핵심정보가 고스란히 담겨있는 초특급 기밀사항인 47번 서버의 존재를 알게 되는데….
EPISODE 14(DOUBLE AGENT)
유전자 변형 분양의 권위자 마코믹 박사를 수사하던 요원 에마가 발각되자, 레녹스 요원으로 외모를 바꾼 미코믹 박사는 TV방송국 앞에서 에마를 처참하게 폭사시킨다. 사건을 조사하던 시드니는 진짜 레녹스 요원이 잡혀있다는 정보를 입수하고 구출작전을 펼치는데….
EPISODE 15(A FREE AGENT)
졸업식을 맞은 시드니는 CIA에 사직서를 제출하지만, 켄달은 수감중인 어머니를 만날 권리를 박탈하겠다며 인정하려들지 않는다. 그러나 슬론이 램발디의 유물로 무기를 조립한다는 사실을 알게 된 시드니는 사표를 반납하고 슬론을 찾아 나서는데…..
EPISODE 16(FIREBOMB)
눈앞에서 슬론을 놓친 시드니는 그가 아프가니스탄의 카비르 족장의 기지에 있다는 사실을 포착하지만, 정확한 위치를 아는 사람은 그곳에 잠입했던 딕슨 뿐. 하지만 딕슨이 협조를 하지 않아 어려움을 겪던 시드니는 결국 카비르에게 잡히고 마는데…
EPISODE 17(A DARK TURN)
CIA는 시드니에게 본이 지난 6개월간 전직 소련 스파이들과 살인 청부업자 등과 접촉해왔다는 증거를 찾고 있다고 텅어놓는다. 한편, 잭은 아이리나와 함께 방콕에서 램발디의 문서 소재지를 알아내고 다시 홍콩으로 가 문서를 입수하는 성공하는데….
EPISODE 18(TRUTH TAKES TIME)
CIA로부터 특별 수사대의 작전 책임을 넘겨받은 잭은 아이리나의 몸에서 송신기를 제거하는 대신 일정 시간 후 작동하는 송신기를 삽입한다. 에밀리와 함께 있는 슬론에게 접근한 아이리나는 뒤늦게 송신기를 발견하고, 슬론에게 대피 경고를 내리는데….
EPISODE 19(ENDGAME)
체포작전 당시의 위성영상을 입수한 슬론은 딕슨이 에밀리를 쏜것을 알게 된다. 한편 시드니는 납치된 카플란의 부인 엘사를 찾아가 도움을 청하지만 거절당하고, 카플란의 주변을 조사하던 중 엘사가 소련첩자이며 카플란고 위장 결혼했음이 밝혀지는데….
EPISODE 20(COUNTDOWN)
대재앙을 예고한 램발디의 예언까지 앞으로 36시간. 슬론의 보복으로 아내를 잃은 딕슨은 큰 충격에 빠지지만 슬론 추적을 포기하지 않고, 램발디의 문서를 연구하던 마샬은 문서의 같은 그림이 고미술복원가의 유전자 지도라는 사실을 알아내는데….
EPISODE 21(SECOND DOUBLE)
CIA로부터 위성의 정보를 유출한 첩자로 지목되어 체포된 윌. 시드니는 윌의 결백을 믿지만 100% 확신할 수가 없다. 잭은 윌이 더블일 수 있다는 가능성을 제기하고, 시드니는 윌을 위해 더블로 의심받는 또 한사람의 정체를 밝히기 위해 나서는데….
EPISODE 22(THE TELLING)
아이리나가 보내준 더블의 유전자 지도 덕분에 윌은 풀려난다. 그 사이 심장을 해군기지로 가져가던 잭은 슬론에게 납치되고, 마침내 슬론은 램발디 최고의 걸작을 조립하기 시작한다. 한편 윌은 크리스마스 프로젝트로 훈련된 요원에 대한 단서를 포착하는데….