전국 시대 말, 강력한 카리스마로 혼란한 정국을 제압하고 있던 오다 노부나가는 언제나 어둠속에 숨어서 모든 정보를 장악하고 있는 닌자의 존재를 두려워하여, 몰살을 명령한다. 그 표적이 된 것은 닌자 가문의 최대 명문가인 ‘이가’. 참혹한 살육 속에서 가문의 후계자인 츠즈라 쥬조가 살아남는다.
그 날 이후, 뿔뿔이 흩어진 ‘이가’ 닌자들. 쥬조는 홀로 은거지에 몸을 숨긴 채, 복수를 꿈꾼다. 도요토미 히데요시를 암살하라! 10년 후 ,쥬조의 옛 스승 자에몽이 찾아와 청부받은 임무를 맡긴다.
바로 노부나가 사후 최고 권력을 승계 받은 도요토미 히데요시의 암살. 쥬조는 그의 가문을 몰살시킨 수뇌부에 복수하기 위해 임무를 받아들인다. 히데요시의 거처인 교토로 향하는 쥬조. 그런 그에게 매혹적인 여인 오하기가 창녀로 가장해 접근한다. 사실 그녀는 히데요시의 암살을 조종하고 있는 도쿠가와 이에야스의 심복이 잠입시킨 쥬조의 감시인.
그러나 그녀와 평생을 함께 할 운명의 밤을 보내는데.. 연인을 암살해야 하는… 원수를 사랑해야 하는 어둠의 눈동자들 쥬조는 교토에서 뜻밖에 ‘이가’의 생존자들을 만나게 된다.
곡예사로, 대장장이로, 검술사범으로 위장한 채 복수를 꿈꾸는 그들. 그러나 어느 날 밤 스승의 딸인 키사루와 쥬조를 제외한 ‘이가’ 닌자 전원이 암살 당한다. 놀랍게도 그 배후에는 옛 ‘이가’ 닌자이자 친구인 고헤이가 있었다. 야망을 향한 그의 투지는 두 닌자의 피할 수 없는 결투를 가져온다.
가문의 명예를 위해 히데요시를 암살해야 하는 쥬조. 출세의 대가로 쥬조를 죽여햐 하는 고헤이. 고헤이의 구애를 받았지만 쥬조를 흠모하는 키사루. 그들의 뒤편에 숨겨진 베일의 여인 오하기. 이들의 숨막히도록 아찔한 운명의 엇갈림. 그들은 자신의 운명을 극복하고 사랑을 이룰 수 있을까?
