파리에서 테러리스트들의 폭탄 테러 시도와 함께 이야기가 시작된다. 팀 아메리카가 이 시도를 막는데, 팀은 전투중 파리를 거의 황폐화시킨다. 개선문이나 에펠탑 같은 명물들이 거의 파괴된다. 영화상에서 파리의 명물들은 작은 광장 근처에 다 모여 있다. 사라(Sarah)는 테러리스트의 계획을 막기 위해 루브르 박물관을 박살낸다. 팀의 일원인 카슨(Carson)이 동료 리사(Lisa)에게 청혼한다. 이때 죽은 줄 알았던 한 테러리스트가 벌떡 일어나 카슨을 쏴서 죽인다.
뉴욕 시에서, 팀의 지도자인 스폿스우드(Spottswoode)는 브로드웨이 배우인 개리 존스튼(Gary Johnston)를 모집하려고 한다. 약간의 혼란이 있은 다음에, 개리는 (람보르기니 디아블로(Lamborghini Diablo)를 코믹하게 늘린) 리무진에서 스폿스우드에게 팀과 함께 하기로 약속한다. 이 리무진은 비행기로 변해서 러시모어 산에 있는 팀 아메리카 기지로 날아 들어간다.
개리는 다른 팀원들을 소개받는다. 사라는 확실한 것을 알아챌 수 있는 감정이입 능력자이다. 그녀는 캘리포니아 주 샌프란시스코에서 왔다. 크리스(Chris)는 미시간 주 디트로이트에서 온 팀원중 가장 뛰어난 무술가이다. 조(Joe)는 네브래스카 대학에서 온 전-미 대표 쿼터백이다. (라디오 명사인 필 헨드리(Phil Hendrie)가 목소리를 낸) I.N.T.E.L.L.I.G.E.N.C.E. 라는 이름의 컴퓨터도 있다. 마지막으로 리사가 있는데, 개리가 그녀에게 매혹당한다. (컨트리 음악이 배경으로 깔리는 가운데) 개리는 워싱턴 D.C.에서 결심을 굳히고, 조직에 확실히 참여하기로 한다.
개리의 첫 번째 작전은 테러리스트들의 계획을 알아내기 위해, 이집트 카이로의 한 술집에서 잠복 근무를 하는 것이다. 그가 계획을 알아내자 마자, 그의 동료들이 테러리스트들에게 들켜서 테러리스트들이 개리를 데리고 도망친다. 팀 아메리카가 그들을 쫓다가, 그 와중에 개리를 거의 죽일 뻔하고, 스핑크스와 기자의 대 피라미드등 이집트의 명물들을 박살낸다. 총싸움 도중, 여성 팀원들은 애정생활에 대해 토론한다.
개리를 구한 다음, 테러리스트들의 계획을 막았다고 확신하며 팀원들은 본부로 돌아와 축하를 한다. 그러나 실제는 몇몇 낮은 수준의 테러리스트들만을 제거한 완전한 착오이다. 실제 상위의 테러리스트들은 조심하며 안전한 상태이다. 승리 축하연동안, 개리와 리사는 따로 나와서 서로에 대한 감정을 이야기 한다. 리사는 개리에게 끌리지만, 카슨의 죽음때문에 여전히 상처 받고 있다.
리사는, 개리가 죽지 않을 것이라고 말해야만 그와 사랑할 것이라고 말한다. 개리가 그런 약속을 할 수 없다고 말하자, 그녀는 동요하지 않고 말한다 “약속만 한다면, 지금 당장 당신과 사랑을 나누겠어요”. 개리는 허둥지둥 약속을 한다. 이것은 개리와 리사의 긴 (똥애호증도 포함하는) 하드코어 포르노같은 장면으로 이어진다. 이 장면은 “R”등급을 받기 위해 스톤과 파커가 심하게 편집했다.
알렉 볼드윈(Alec Baldwin)이 “영화 배우 조합(Film Actors Guild)”의 우두머리라는 소식을 피터 제닝스(Peter Jennings)가 전한다. 뉴스 화면에선 “알렉 볼드윈 – F.A.G.(동성애자)”라고 보여준다. 알렉 볼드윈, 팀 로빈스(Tim Robbins)와 숀 펜(Sean Penn)을 인터뷰한다. 할리우드 연예인들도 나온다 (DVD에 있는 삭제된 장면에서, 프랑스와 이집트 사람들이 팀 아메리카를 싫어하며, 그들이 다시오면 죽여버리겠다고 뉴스-리포트에서 언급한다. 이 장면은 미국 뉴스가 아니라 영국의 BBC 뉴스의 패러디이다). 그러나 김정일이 진짜 테러리스트 계획의 주도자이다. 한스 블릭스(Hans Blix)가 김정일의 궁전에 나타나 무기 사찰을 받으라고 종용하며, 김정일에게 분노한 미국의 서한를 주겠다고 협박하다. 그러나 김정일이 그를 상어밥으로 만든다.
그동안 테러리스트들은 카이로 사건에 대한 보복으로 파나마 운하를 폭파해서 수천명을 죽인다. 알렉 볼드윈이 이끄는 “영화 배우 조합”은 팀 아메리카에게 파나마 폭발사건의 책임을 물으며 비난한다. 볼드윈을 존경하는 개리는 그의 연기로 인해 살인이 일어났다고 결론지으며, 팀 아메리카에서 탈퇴한다. 팀 아메리카는 작전에 나가지만 바다위에서 격추되어 김정일에게 잡힌다. “F.A.G.”는 팀 아메리카 본부 앞에서 항의 시위를 한다.
도중에 팀 로빈스는, 팀 아메리카는 장점보다는 단점이 많다며, 조직을 해체시켜야 한다고 말한다. 마이클 무어(Michael Moore)가 본부에 자살 폭탄 공격을 하며, 혼자 남아 있던 스폿스우드 가 실종된다. F.A.G. 단체에서 헬렌 헌트(Helen Hunt)가 조합의 새로운 행동 방향을 제안한다. 재닌 가로팔로(Janeane Garofalo)는 조합원들이 신문을 읽고, 마치 자신의 의견인 것처럼 텔레비전에서 반복하자고 말한다. 맷 데이먼(Matt Damon)이 영화내내 말하는 것은 자기의 이름뿐이고, 이것이 그를 지진아처럼 보이게 한다. 모임을 끝마치며, 볼드윈이 그들의 새로운 지도자를 소개하는데, 김정일로 밝혀진다.
개리는 팀 아메리카에 다시 가입해야 한다고 결정한다. 스폿스우드는 공격에서 살아남고, 게리의 충성을 증명하는 뜻으로 자신에게 구강 성교를 하게 한다. 그 다음, 스폿스우드는 개리에게 전투 기술에 대한 하루짜리 특강을 해준다. 이때 “Montage” 노래가 연주된다.
개리는 팀 아메리카를 구하고, F.A.G.와 싸우며, 김정일의 계획을 막으러 북조선으로 간다. 그는 성공하고, 김정일을 발코니에서 밀어 떨어뜨린다. 독일 외교관이 쓰고 있던 일차 세계 대전 시절의 헬멧에 김정일의 몸이 꿰뚫린다. 바퀴벌레처럼 생긴 외계인이 김정일의 입에서 탈출한다. 이 장면은 1987년 영화 《히든》(The Hidden)의 것과 비슷하다. 겨우 곤충이 독재자의 몸을 조종했다고 암시된다. 바퀴는 김정일의 목소리로 팀 아메리카를 조롱하다가 작은 우주선으로 탈출한다.
끝날때 나오는 제작진 소개에서 연주되는 음악 “You Are Worthress, Arec Bardwin”에 바퀴벌레-김정일의 의도가 설명되어 있다. 그는 기론(Gyron) 행성에서 왔으며, 그의 종족인 지포드족(Zypods)은 벌과 닮은 바막족(Barmacks)과 전쟁중이다. 전쟁으로 인간 집단이 전멸하면, 지포드 족이 지구를 새로운 고향으로 할 예정이었다. 이 작전이 실패하자, 바퀴벌레-김정일은 “pit of Cryrock”에의 비난에 참가한다.
