구름, 바위, 안개, 모래마을을 지키는 4명의 닌자들이 행방불명 된다. 사라진 닌자들은 모두 일족에 의해 대대로 내려오는 특수능력을 소유한 닌자들! 닌자들이 사라지자 바람, 번개, 흙, 물, 불의 닌자 5대국의 평화는 위기를 맞게 되고 결국 제 4차 닌자대전의 카운트다운이 시작된다.
한편 유일하게 피해가 없는 ‘불의 나라’에 혐의가 모아지자 ‘카카시’는 자신을 희생할 결심을 하고 마을을 홀로 빠져나간다. ‘카카시’가 떠나기 전 자신에게 남긴 물건에서 ‘카카시’의 의지를 알게 된 ‘나루토’와 나뭇잎 마을의 닌자들은 ‘카카시’의 깊은 뜻을 헤아리고 불의 의지를 잇기 위해 결전의 장으로 향하는데……
제 4차 닌자대전이 일어나는 금환일식까지는 앞으로 3일!