1년전, 고지라와의 격투에 의해 메카고지라 ‘3식 기룡’은 막대한 피해를 입고 수리작업이 한창이었다. 한편, 그 정비사 중의 한명인 츄죠 요시토는 삼촌인 신이치와 조카 슌과 함께 별장에서 휴가를 보내고 있었다. 그때, 인펀트 섬에서 찾아온 소미인이 그들의 앞에 나타나서는 43년전 ‘모스라 사건’ 당시 그들을 구해주었던 신이치에게 ‘3식 기룡’에 사용되고 있는 초대 고지라의 뼈를 바닷속으로 돌려줄 것을 부탁한다.
한편, 1년전 고지라를 격퇴했던 메카고지라의 오퍼레이터 아카네는 미국으로 연수를 위해 떠나면서 요시토에게 기룡을 부탁하는데…
