진구와 도라에몽은 비밀 도구 “가공수면펌프” 가 만든 ‘가공수’ 로 온 동네를 바다로 만들어 버리고, 물고기들과 함께 즐거운 시간을 보낸다. 그 곳에 우연히 5천년 전 지구로 온 인어족 공주 소피아가 길을 잃고 들어오게 된다. 도라에몽과 진구 일행은 소피아와 함께 바다 세계로 나가 인어옷을 입고 신나는 바다 모험을 즐기던 도중, 갑자기 나타난 거대 곰치에게 습격을 당한다. 아슬아슬하게 위기를 모면하지만, 이슬이는 누군가에게 납치당하고 마는데…
도라에몽과 친구들은 인어족의 궁전에서 ‘인어검’에 대한 신비한 전설을 알게 되고, 아쿠아별의 언어학자이자 고대 아쿠아어 연구의 1인자인 메지나 박사의 도움을 받아 인어검을 되찾기 위해 나선다. 하지만 인어검을 가진 자만이 바다 세계를 정복할 수 있다는 것을 안 괴어족의 왕 부이킹의 방해로 인어검을 찾는 것은 점점 더 힘들어져가는데…
