뒷골목의 불량 소녀 니키타(안느 빠리노)는 정체가 분명치 않은 비밀 정보기관에서 전문 킬러로 양성된다. 엄청난 트레이닝으로 인간 병기가 되어 버린 니키타는 이제 조세핀이라는 이름으로 바뀌어 도시에 던져진다. 임무가 주어지면 때로는 조직과 함께, 때로는 홀홀단신으로 양손에 대형 매그넘 권총을 들고 뛰어 들어가 용서없는 숙청을 감행한다. 그러나 니키타에게 연인이 생기면서 자신의 처지에 방황하며 죄의식을 느낀다. 조
직은 그녀의 변화에 대비해 또 하나의 임무를 하달한다. 적성국 대사관에 침입하여 비밀서류를 사진으로 찍어 오는 일이다. 니키타는 최후의 임무를 수행하기 위해 양손에 무기를 든다. 그리고 냉혹한 침묵의 해결사 ‘청소부’와 함께 기관단총이 난무하는 곳으로 뛰어든다. 그녀의 연인 마르코(쟝-휴즈 앙그라드 분)는 모든 것을 이해와 사랑으로 감싸주려 한다. 그러나 임무를 마치고 돌아온 니키타는 마르코에게 자신의 정체가 드러난 것을 알자 사랑한다는 쪽지만을 남긴 채 자신의 자유를 찾아 그를 떠난다.
