우울하고 삐딱한 10대 소년 도니 다코에게 어느 날 6피트 키의 소름끼치는 토끼 괴물, 프랭크가 나타난다. 그는 도니에게 28일 6시간 43분 12초 후, 세상의 끝이 찾아온다고 말하고 사라진다. 다음 날, 낯선 곳에서 잠을 깬 도니는 팔뚝에 ‘28064312’라고 쓰여진 숫자를 발견하고, 같은 시간 자신의 집에는 출처 불명의 747 비행기 엔진이 추락했다는 사실을 알게 된다.
그 날 이후, 도니의 주변에는 기괴한 사건이 연이어 발생하고, 학교 친구들은 그런 도니를 이상한 존재로 여긴다. 프랭크가 예고한 운명의 시간이 다가올수록 학교와 마을은 암흑 속으로 빠지게 되고, 어느 순간 도니는 자신의 주변에서 일어나는 일들이 우연이 아님을 깨닫는다. 그러나 도니의 노력에도 불구하고 주변상황은 점점 악화되어간다.
