지구에 침투한 외계인을 감시, 관리하는 미 연방 일급 비밀기관인 MIB(맨 인 블랙). 활동적인 뉴욕경찰인 제임스(윌 스미스)는 어느날 검은 양복의 낯선 인물 케이(토미 리 존스)를 만나고, MIB 본부에 들어와 비밀요원 제이로 탄생하게 된다. 외계에서 온 다양한 생명체들을 심문하던중. 은하계의 악명높은 테러리스트인 에드가가 불법으로 지구에 잠입한 사실을 알게 된다.
지구의 멸망을 가져오는 은하계의 전면전쟁을 막기위해 MIB팀은 에드가를 찾아내 우주평화의 신비가 담긴 구슬을 뺏어야만 한다. 지구멸망이 다가오는 절대절명의 위기상황에서 제이와 케이는 최후의 결전에 나서는데…
