어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형참사는 겨우 막지만 경기장의 대형 전공판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다.
그리고 또 닷 도전장과 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…
도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!?
