아웃월드의 황제인 샤오 칸은 아웃월드와 지구를 합병시켜서 파멸시키려는 음모를 꾸민다. 모탈컴뱃에서 류캉과 선택된 파이터들이 이긴 후 ‘지구는 한세대 동안 평화를 누려야 한다”는 전 우주세계의 이 신성한 규칙을 깨고, 샤오 칸은 아웃월드로부터 지구로 통하는 게이트를 열어 침략해온다. 이에 대항할 힘을 모으기 위해 레이든은 류캉과 파이터들을 집합시킨다.
자신의 야욕을 채워줄 악의 무리들을 데리고 레이든 앞에 나타난 샤오 칸. 정신없이 일격을 가해오는 샤오 칸 일당들은 마침내 레이든을 죽이고 만다. 이에 분노한 파이터들은 류캉을 앞세우고, 6일째의 마지막 전투에 임하게 된다. 키타나 공주는 샤오 칸의 일당으로 악의 화신이 되어 어머니와, 류캉은 샤오 칸과, 잭스는 나이트 울프와, 소냐 블레이드는 몬타로와 각각 맞수가 되어 목숨을 건 전투를 벌이는데…
