1964년 여름, 미국 미시시피주의 「조셉」에서 흑인들에게 참정권 교육을 하던 3명의 인권단체 운동원이 실종된다. 이를 수사하기 위해 파견된 F.B.I 워드와 앤더슨은 성격이 달라 자주 충돌한다. 마을 사람들은 K.K.K의 보복이 두려워 협조를 거부하고, 지방유지와 경찰서장또한 모두 수사를 방해한다. 결국 둘은 차가 유기된 장소를 발견하지만, 실종된 3인의 시체는 찾지 못한다. 수사에 위협을 느낀 보안관과 K.K.K 단원들은 협조하는 흑인들에게 테러를 가하고, 이에 격분한 흑인들은 폭동을 일으키고….
