바람이 휭하니 휩쓸고 지나쳐가는 영국의 황무지 위에 오래된 고딕식 건물이 덩그라니 놓여져 있다. 이곳에는 어두운 비밀을 간직한 가족이 살고 있다. 아름답고 신비스럽게 숨겨져 있는 사랑과 우정이 환하게 꽃피어 있고, 가슴속의 깊은 상처가 깨끗이 나을 수 있는 정원이 몰래 감춰져 있다. 씩씩하고 독립심이 강한 메리는 지진으로 부모를 여의고 이모댁인 이곳에 도착한다.
이모가 오래전에 돌아가셨기 때문에 이모부는 실의에 빠져 생활하고 있었고, 사촌인 콜린은 어려서부터 병치레가 잦았기에 화를 잘내는 약간 비뚤어진 성격의 아이였다. 함께 놀아줄 상대가 없던 메리는 선량하고 조용한 시골 소년 디콘과 어울려 지내며 메리가 발견한 버려진 화원을 함께 가꾸기 시작한다.
