리플리가 배를 뚫고 나오는 에이리언을 끌어 안으며 용광로 속으로 몸을 던진 지 200년 후, 미래 정부는 퓨리 161행성에서 영원히 사라졌다고 여겼던 리플리와 그 몸속에 있는 퀸 에이리언을 부활시키는데 성공한다. 또한 이들은 에이리언의 배양과 동면에 필요한몸을 제공할 사람들을 유괴하기 위해 일단의 사냥꾼 용병을 고용한핟. 아날리 콜이라는 의문의 소녀도 그 중의 한사람.
베티호를 타고 다니면서 밀수업을 하는 이 사냥꾼들은 동면하고 있는 인간들을 납치해서 알을 낳은 퀸 에이리언 앞으로 끌고온다.
오로지 리플리만이 이 정부의 이런 무모한 실험이 엄청난 결과를 낳으리라는 것을 알고 있었다.
한편, 정부군에 의해 배양되던 변종 에이리언들은 감시망을 뚫고 우주선을 점령하며 인간에 대한 반격을 시작하는데…
