인류의 유전자 기술이 극도로 발전한 미래사회. 인간은 새로운 변종의 돌연변이를 만들어 생활을 윤택하게 한다. 하지만 정작 이들 돌연변이 ‘엑시맨’들이 인간보다 뛰어난 지능과 능력을 갖게 되자, 인간들은 점차 엑스맨들을 경계하며 적대시한다.
찰스 박사는 이런 돌연변이들을 모아 인류사회에 적응시키고 인간을 위해 일할 수 있도록 교육기관을 세워 그들을 훈련시킨다. 하지만 인간들은 여전히 엑스맨들의 ‘위험성’을 폭로하며 그들을 통제하려고 한다. 이에 격분한 사악한 돌연변이들의 리더 매그니토는 그들의 능력을 이용해 인간을 지배하려는 음모를 꾸미고, 찰스 박사가 이끄는 엑스맨들은 이를 막기 위해 그들과 처절한 대결을 시작한다.
