서기 2654년, 지구의 연합국 기지 페가수스는 악으로 뭉친 에일리언 킬라트의 갑작스런 공격을 받고, 방어할 태세조차 갖추지 못해 무참히 파괴된다. 에일리언 킬라트는 설상가상으로 짧은 시간안에 지구로 진입할 수 있는 최첨단 컴퓨터 항해 장치인 나브컴을 강탈해 간다. 필그림의 피를 이어받은 신참 조종사 블레어는 에일리언 킬라트가 나브컴을 강탈해서 지구를 정복할 것이라는 내용이 담긴 마이크로 디스크를 우주 전사들의 전투 기지인 타이거 크로의 함장 산스키에게 전달하라는 명령을 받는다.
우주의 시간과 공간에 대한 타고난 감각을 가지고 블레어는 6개월이 걸리는 공간을 나브컴 없이 단 3초만에 공간이동을 하는데 성공한다. 마침내 전투기지 타이거 크로에 도착한 블레어는 함장 산스키에게 마이크로 디스크를 건네고 타이거 크로의 전투부대 윙 커맨더에 합류하게 된다. 미모의 윙 커맨더 소령 엔젤의 지휘 아래 킬라트와의 전투에 참여한 블레어는 같이 전투에 참가했던 강인하면서도 아름다운 그녀에게 마음을 사로잡히게 된다.
