1936년 남아메리카. 인디아나 존스(해리슨 포드 분) 박사는 험난한 밀림 지대를 헤치고 독거미와 온갖 부비트랩을 뚫고서 고대 문명의 동굴에 보관된 보물을 손에 넣는데 성공하지만, 마지막 순간 악덕 고고학자 벨로크(폴 프리먼 분)에게 빼앗기고 만다. 대학으로 돌아온 인디에게 정보국 사람들이 찾아온다.
미정보부 유럽 지부가 카이로에서 베를린으로 보내지는 독일 나치의 무선을 도청했는데, 내용은 다음과 같다. “타니스 발굴 작업 진행 중, 태양신 지팡이의 꼭대기 장식이 필요함. 에브너 레이븐우드 미국”. 에브너 레이븐우드 박사의 제자였던 인디의 설명에 따르면 이렇다. 모세가 호렙산에서 가져왔다가 깨뜨린 십계명이 새겨진 석판 2조각을 넣어 보관한 일명 ‘언약의 궤’라고 하는 이 성궤는 유대인들이 가나안에 정착한 후, 예루살렘의 솔로몬 신전에 보관했으나 어느날 흔적도 없이 사라진다.
