육사를 갓 졸업한 젊은 장교 ‘브리튼 데이비스’ 소위(맷 데이먼)는 아리조나로 발령받아 제로니모 작전에 참가한다. 그의 첫 임무는 ‘찰스 케이트웃’ 중위(제이슨 패트릭)와 인디안 보호구역으로 투항의사를
밝혀온 ‘제로니모'(웨스 스투디)와 그의 일행을 ‘조지 크룩’장군(진 핵크만)이 있는 군부대로 송환해 오는 것이다. 데이비스는 경험이 많고 인디안에 대해 이해심이 많은 케이트웃 중위를 존경하게 된다.
멕시코 국경에서 제로니모를 위한 케이트웃과 데이비스는 그를 데리고 크룩장군이 기다리는 기지로 돌아온다. 제로니모느 이 두 백인을 신뢰하게 된다. 전설적인 아파치 용사 제로니모가 항복해오자 크룩장군의 성대한 환영식을 베푼 뒤 제로니모와 그의 일행을 보호구역으로 보낸다. 데이비스는 제로니모의 요청으로 그곳 감독관으로 파견된다. 싸움을 부추기는 예언을 하는 무당을 군대가 죽이게 된 사건이 발생하자,
제로니모는 다시 아파치를 이끌고 멕시코로 잠적해 버리게 되는데…
