엄마에게조차 버림받은 아이 제시. 엄마에게 버림을 받았다는 사실을 인정하기 싫어하는 제시는 길 잃은 아이들과 함께 좀도둑질을 하며 살아가고 있던 중, 소년 감호원으로 보내지는 대신 양부모에게 보내어진다.
하지만 이미 굳을대로 굳어진 제시의 마음은 따뜻하게 대하려는 양부모에게조차 움직일 줄 모르고, 수족관에 낙서를 했다는 벌로 여름방학동안 수족관 청소를 하게 되는데…하지만 바로 이곳에서 제시는 자기의 유일한 친구를 발견하게 된다.
문제고래로 찍힌 윌리. 조련사의 말도 듣지 않고 고래쇼에서 재롱을 피우는 것도 거부하는 윌리에게서 제시는 자기의 모습을 발견한다. 그리고 윌리와 제시의 모험이 시작된다. 수족관장은 골치덩어리 윌리를 몰래 죽여서, 보험금을 타내려는 모략을 꾸미고, 이것을 알게된 제시는 목숨을 걸고 윌리를 탈출 시킨다.