16세기 말, 신교도와 구교도의 대립으로 대륙간의 전쟁이 한창인 시대. 영국은 신교도인 여왕 엘리자베스 1세(케이트 블란쳇)가 통치하고 있다. 구교도가 주권을 잡은 스페인은 왕위 계승 서열 2위인 메리 스튜어트(사만다 모튼)를 이용해 영국을 점령하고자 엘리자베스의 암살음모를 계획한다.
국가 간의 동맹을 목적으로 여왕의 구혼자들이 줄을 잇는 사이, 엘리자베스는 자유로운 탐험가 월터 라일리(클라이브 오웬) 경에게 빠져들지만 나라를 통치하는 ‘여왕’의 위치 때문에 애써 마음을 숨긴다. 라일리 경에 대한 마음은 점점 커져만 가고 여자로서의 삶과 여왕으로서의 권위에서 갈등하던 엘리자베스는 메리 스튜어트의 암살 음모를 발각하게 된다. 반역자로 사형에 처해진 메리 스튜어트의 죽음을 빌미로 스페인은 영국과의 거대 전쟁을 선포하는데…
한 여자로서의 인생에 사랑이라는 축복 대신 전쟁이라는 무거운 짐을 짊어진 그녀는 운명이 자신의 어깨 위에 얹어놓은 여왕의 자리를 인정하고 검을 손에 쥔다. 그리고 이제, 스페인 무적함대에 맞선 역사상 가장 위대한 전쟁을 시작한다.
