페이톤 웨스레이크 박사(Darkman/Peyton Westlake: 아놀드 보스루 분)는 실험 도중 악당의 습격을 받아 심한 화상을 입고 생명까지 위태로운 상황에 이른다. 가까스로 살아난 그는 신비한 초능력을 갖게 되고, 깊은 지하 터널 안에서 흉한 자신의 외모를 치료하기 위한 연구를 하는 다크맨으로 다시 태어난다.
한편 피터 루커(Peter Rooker: 제프 파헤이 분)는 마약거래로 악명이 높은 갱으로 어느 날, 마약거래 현장에서 다크맨에게 습격을 당하고 현금을 빼앗긴다.
그 사건 후 자신은 피부를 연구하는 과학자라고 밝힌 브리지트(Bridget Thorne: 다란느 프루겔 분)가 다크맨을 찾아와 화상 등으로 고생받는 환자들을 위해 도와줄 것을 요청한다. 그러나 그녀는 사실 피터의 정부로 다크맨이 지닌 초능력의 비밀을 알아내려고 그를 속인 것이다.
자신이 속았다는 사실을 깨달았을 때 이미 피터에게 감금된 상태였지만, 다크맨은 괴력을 발휘해 궁지에서 벗어난다. 그리고 자신의 초능력에 대한 비밀 연구성과가 담긴 디스켓과 새로 개발한 피부 재생 물질을 피티에게 모두 빼앗긴 것을 알고, 이를 되찾기 위해 다크맨은 피티의 모습으로 변장, 그의 억양을 흉내내 피터의 집에 잠입한다. 마침 이날은 피터의 생일로 많은 축하객들이 피터의 집에 와 있었고, 다크맨은 피터의 행세를 하면서 가까스로 위기를 넘긴다. 그러나 피터의 아내 안젤라(Angela Rooker: 록산느 도슨 분)는 조금씩 다크맨을 의심하기 시작한다.
한편, 브리지트의 실험실에서는 페이톤의 초능력에 관한 연구가 성공을 거둔다. 피터는 젊고 건장한 부하 4명에게 새로 개발된 약을 주사하고, 그들은 곧 초능력을 갖게 된다. 다크맨은 이들과의 일전에서 이겨내지만 스스로 약을 주사한 피터와 또 다시 생사를 건 싸움을 벌여야 하는데…
