조국과 명예를 위해 목숨을 걸고 전장터를 누볐던 네이든 알그렌 대위(톰 크루즈). 그러나 남북전쟁이 끝난 후, 세상은 변했다. 용기와 희생, 명예와 같은 군인의 덕목은 실용주의와 개인의 이익을 추구하는 시대 흐름에 밀려 설 자리를 잃게 되고, 그가 참여했던 전쟁의 명분조차 퇴색해버리자 알그렌은 허탈감에 빠진다.
지구 반대편에선 또 한명의 무사가 가치관의 혼란 속에 갈등을 겪고 있었다. 황제와 국가에 목숨 바쳐 충성해온 사무라이의 마지막 지도자 카츠모토(켄 와타나베)가 바로 그. 미국이 신문명의 조류 속에서 변혁의 소용돌이에 휘말려있던 그 시기에 일본의 전통 문화 역시 서양 문물의 도입으로 개혁의 홍역을 앓고, 새롭게 도입된 철도와 우편제도는 사무라이가 수세기 동안 목숨 걸고 지켜온 가치관을 뒤흔들어 놓고 있었던 것이다. 그러나, 카츠모토에게 사무라이의 정신이 없는 삶은 곧 죽음이었다.
비슷한 처지에 놓이게 된 알그렌과 카츠모토, 이 두 군인은 서구 열강의 신 문물에 매료된 일본 제국의 젊은 황제가 신식 군대 조련을 위해 알그렌을 초빙하면서 운명적으로 조우하게 된다. 서구화를 가속화 시키기 위해 황제의 측근들은 사무라이 집단을 제거하려는 음모를 꾸미고, 알그렌은 자신이 뜻밖에도 사무라이에 대해 연민과 동질의식을 느끼고 있음을 깨닫는다. 신념과 무사정신으로 무장한 사무라이의 모습이야말로 한때 자기 자신의 모습이 아니었던가!
두 시대와 두 세계가 거세게 충돌하는 이 낯선 세계에 던져진 알그렌. 그는 군인의 명예심 하나로 자기의 앞길을 헤쳐나가는데…
