선교 활동 중 어린 딸과 남편을 잃고 기적을 믿지 않는 캐서린 윈터(힐러리 스웽크). 종교계를 떠난 대학 교수가 된 그녀는 이제 기도가 아니라 과학에서 해답을 구하고 있다. 눈물 흘리는 동상, 성자의 모습을 한 얼룩, 피 흘리는 나무 등 기적으로 보이는 현상을 과학적으로 규명하며 전세계적으로 명성을 떨쳐 왔다.
외딴 시골 마을 헤이븐의 교사 더그 블랙웰(데이빗 모리세이)이 신의 조화로 보이는 기이한 현상을 조사해 달라고 찾아온다. 동료 벤(이드리스 엘바)과 숲과 늪으로 둘러싸인 루이지애나의 작은 마을 헤이븐을 찾은 캐서린은 점점 믿을 수 없는 사실들과 직면하게 된다.
마을 사람들은 수수께끼의 소녀 로렌(안나소피아 롭)이 하늘의 분노를 샀기 때문이라며 악의 화신으로 몰아가지만 캐서린의 눈에는 도움이 절실한 어린 아이로 비칠 뿐. 캐서린은 이 어두운 미스터리의 실체에 다가가면서 이 세상에 드리울 거대하고 사악한 음모를 막아야 한다고 느끼게 된다.
그녀가 맹신하던 과학으로도 설명이 불가능하다는 걸 깨닫게 되면서, 자신을 둘러싼 불길한 징후들을 감지하고 악마와의 최후의 대결을 준비하는데…
