마녀인 엄마와 인간인 아빠 사이에서 태어난 소녀 ‘키키’는 13살이 되던 만월의 어느 밤, 검은 고양이 ‘지지’와 함께 마녀 수행을 떠난다. 불안한 비행으로 첫 출발한 ‘키키’는 갑작스런 폭우를 피하기 위해 기차에 숨어들고 이른 아침 기차 밖으로 보이는 넓은 바다 근처 항구도시를 보고 앞으로 이곳에서 살기로 결심한다.
마을에 착륙하려던 ‘키키’는 실수로 차도로 뛰어들어 교통을 엉망으로 만들고 이때 나타난 ‘톰보’라는 소년의 도움을 받아 위기를 벗어난다. 새로운 마을이 낯설기만 한 ‘키키’는 친절한 ‘오소노’ 아줌마의 도움으로 살 집과 배달 일을 하기 위한 전화기를 공짜로 얻게 된다. 이제 ‘키키’의 본격적인 홀로서기가 시작된다!
비행 능력으로 마을 이곳 저곳의 배달 일을 도맡게 된 ‘키키’는 이제 어느 덧 마을에도 익숙해져 가고 배달 일 역시 재밌게 느껴진다. 그러던 어느 날 ‘키키’는 갑자기 마법 능력을 잃게 되고 급기야 하나 뿐인 마법 빗자루마저 부러지게 된다. 과연 ‘키키’는 마법의 힘을 되찾고 진정한 마녀가 될 수 있을 것인가?
