마틸다는 태어날 때부터 남달리 총명하고 신비한 능력이 잠재된 깜찍한 여자아이였지만 그녀의 엄마와 아빠는 마틸다의 천재성은 고사하고 딸의 존재조차에도 관심이 없는, 형편없는 인간들이다. 네살무렵부터 왕성하게 책을 읽어대고, 자신만의 꿈과 세계를 품고 사는 마틸다를 성가시다고 느낀 그녀의 아버지는 딸을 이상한 학교에 입학시켜 버린다.
마틸다가 입학한 학교의 교장은 올림픽 투포환 선수 출신으로 아이들을 지독하게 학대하는 괴팍한 성격의 소유자였지만, 마틸다는 착한 친구들과 마음씨 예쁜 담임 선생님과 함께 하는 학교생활이 즐겁기만 하다.
결국 마틸다는 교장 선생님의 폭압에 대항하여 그만의 신비한 초능력을 사용하게 되는데…
