FBI 특수요원 아트 제프리즈(브루스 윌리스)는 자신의 몸을 아끼지 않고 임무를 수행하는 뛰어난 첩보원이다. 그러나 독자적인 업무 스타일과 지나치게 강한 개성으로 인해 동료들과의 마찰이 잦아진 그는 조직으로부터 소외당하고 한직으로 물러난다.
한편, 자폐증이 잇는 9세의 소년 사이먼은 우연히 퍼즐잡지에 있는 암호화된 코드를 보고 안내에 따라 전화를 건다. 그 암호는 ‘머큐리’ 라는 국가 보안 프로그램의 코드명으로 개발자들이 일반인을 대상으로 테스트하기 위해 잡지에 실어놓은것. 사이먼의 전화를 받은 개발자는 정보부 책임자인 니콜라스 커드로우(알렉 볼드윈)에게 이 사실을 알리고, 그는 소년과 가족들을 살해하라는 명령을 내린다. 그러나 그들은 사이먼의 부모만 살해한 채 사이먼을 처치하는데는 실패한다.
아트는 사이먼의 실종을 추적하라는 임무를 받고 소년을 찾아나서고, 현장을 수색하던중 옷장속에 숨어있던 사이먼을 찾아낸다. 아트는 본능적으로 사이먼의 고통과 소외감을 함께 공감하고, 그를 보호하며 사건의 정체를 파헤쳐 나가는데…
