1970년 10월 6일, 터키 이스탄불. 애인 수잔(아이렌스 미라클 분)과 여행 중이던 21살의 미국 청년 빌리 헤이즈(브래드 데이비스 분)는 겁없이 마약 밀매를 시도하다가 터키 이스탄불 공항에서 체포당한다. 터키 경찰의 끊없는 회유와 협박이 이어지고, 마약을 건내준 택시 운전사를 만나러 가다, 감시가 소홀한 틈을 타 도망쳐보기도 하지만 결국 붙잡혀 국제 범죄자들만을 수감하는 특수 교도소 ‘사그말실라’에 갇힌다.
추위를 피해 담요를 훔치던 그는 고문실로 끌려가 잔인한 간수장 히미두(폴 스미스 분)에 의해 발바닥을 구타당하고, 며칠 후 겨우 정신을 수습하지만 걷기조차 힘들다. 같은 미국인 지미 부스(랜디 퀘이드 분)와 맥스(존 허트 분)의 도움으로 겨우 걸음을 걷기 시작하면서, 빌리는 그 둘의 친구가 된다.
한편, 공작새를 개 대신 기르는 리프키(파올로 보나셀리 분)는 마약, 담요 등을 팔아 돈을 모으는 악덕 밀고자다. 지미는 회교 사원에서 촛대 두 개을 훔치고 수감되었고, 에리크(노버트 웨이서 분)는 마약 소지로 12년을 선고받았으며, 맥스는 수감된지 7년이 돼가는 최고참이다. 얼마 후 아버지(마이크 켈린 분)의 면회를 받고, 곧 재판이 열지지만, 검사(케보크 말리콴 분)는 터키를 경유하는 마약 운반이 국가의 명예를 실추시켰다며 빌리에게 종신형 선고를 주장하는데, 그의 변호를 맡은 부도덕한 변호사 예실(프란코 디오제느 분)에 의해 결국 4년형이 선고된다.
한편, 맥스는 빌리에게 여기서 나갈 수 있는 가장 ‘현명한’ 방법인 ‘탈옥'(‘미드나잇 익스프레스)’을 제안하지만, 빌리는 20개월 남았다며 거절한다. 결국 혼자 지붕으로 탈출을 시도하던 지미는 붙잡혀 매을 맞아 탈장에 고환까지 잃고 수개월간 요양소에 있다 돌아온다. 빌리는 이래도 좋고 저래도 좋다는 터키말 ‘슬라블라’를 배운다.
아들이 보는 앞에서 소년 강간범들의 발바닥을 몽둥이로 때리는 히미두, 동성애가 성행하여 하루에 수천 건의 칼부림이 생기는 터키의 감옥 생활, 교도소내의 고독, 온갖 폭력과 비참함을 삭히며 가족과 연인에게 편지를 띄우는 빌리. 드디어 53일 남았을 때 대사관으로부터 그에게 충격적인 소식을 전해온다. 밀수 사건의 표본으로 삼으려는 검사가 판결에 불복, 앙카라 대법원에 상고하여 어쩌면 종신형을 받게 될지도 모른다는 것이다. 재판은 다시 열리고, 분노한 빌리는 재판장과 모든 터키인들을 향해 ‘돼지새끼들’이라고 외친다. 터키인들에게 ‘돼지’는 가장 모욕적인 동물, 재판장은 그에게 30년형을 언도한다.
마침내 맥스, 지미와 함께 탈출을 결심한 빌리는 지하 통로의 벽 입구를 발견하지만, 밀고자 리프키에게 들켜 지미가 잡혀간다. 이에 맥스와 빌리는 그가 목숨과도 같은 돈이 라디오 뒷면에 숨겨져 있는 것을 알고 돈을 모두 못쓰게 만들어 보복한다. 그러던 어느날 불시검문에서 리프키는 자신의 몸에서 나온 마약을 맥스에게서 샀다는 거짓말을 해 맥스가 잡혀가게 한다. 분노한 빌리는 리프키를 무참히 폭행, 정신이상 죄수 감옥에 수감된다. 1975년 1월, 폐인이 되어가던 빌리는 뜻밖에 애인 수잔의 면회를 받는다. 그녀에게서 받은 가족 사진 앨범에는 돈이 숨겨져 있었다. 이미 폐인이 되어 말도 못하는 맥스에게 “구하러 오겠으니 살아 있으라”는 말을 마지막으로 빌리는 마지막 탈옥을 결행한다
