러시아의 생물학자가 이단 헌트에게 도움을 청한다. 그는 그리스 신화에서 이름을 인용한 ‘키메라’ 바이러스를 만들었으며 이를 억제할 ‘벨레로폰’ 역시 만들었음을 밝힌다.
한편 테러리스트 앰브로즈는 박사에게서 벨레로폰을 탈취한 뒤 비행기 사고를 가장해 그를 살해한다. 헌트는 ‘키메라’가 인플루엔자, 즉 감기를 없애기 위한 치료제인 ‘벨레로폰’을 조합하다가 부수적으로 제조된 악성 바이러스라는 사실을 알게 된다.
헌트는 과거 앰브로즈의 애인이었던 니아을 포섭해 그녀를 앰브로즈에게 보내 정보를 얻으려 한다. 그 와중에 헌트와 니아는 깊은 사랑에 빠져든다. 앰브로즈가 꾸며낸 모든 음모를 알아낸 헌트는 제약회사에 보관중인 ‘키메라’ 바이러스를 제거하기 위해 건물에 침투한다.
