거대 산업문명이 붕괴한 뒤 지구는 황폐해진 대지로 뒤덮인다. 부해로 불리는 균류의 숲이 확장되면서 인류는 다시 한번 위기에 처한다. 나우시카와 마을 사람들은 부해의 숲에 위협을 느끼면서 나름의 생활을 영위하고 있다. 어느 날, 군사국인 토르메키아의 대형 비행선이 바람계곡에 추락한다. 비행선엔 지구의 모든 생명체를 불태운 바 있는 ‘거신병’이 들어 있고 토르메키아는 거신병의 부활을 통해 지구상의 모든 포자식물을 불태울 계획이었던 것.
바람계곡을 침입한 토르메키아의 함대는 마을을 점령하고 나우시카는 자연을 해치려는 인간들, 인간에 적대감을 품은 자연의 중간자로서 활약한다. 나우시카는 식물군이 오염된 지구를 정화하는 역할을 하고 있음을 뒤늦게 알게 된다. 결국 나우시카는 격노한 채 무섭게 돌진하는 거대한 ‘옴’ 무리 앞에 스스로 몸을 던진다.
