때는 막부시대 말기. 교토의 한 구석 미부(壬生)에서 탄생된 신선조(新選組)에 (수도의 치안을 담당한 국가경찰조직) 모리오카의 남부 번(藩, 에도시대 다이묘가 다스렸던 영지, 주민, 통치기구의 총칭)출신의 요시무라 칸이치로(나카이 키이치)가 입대한다. 그는 순박한 외모와 달리 여러 사람을 베어 본 듯한 뛰어난 칼 솜씨를 지니고 있다.
신입대원 환영식에서 무사다운 기백보다는 고향 자랑을 늘어놓는 칸이치로에게 역겨움을 느낀 사이토(사토 코이치)는 집으로 돌아가는 길에 칼을 휘두른다. 그러나 “죽을 수 없다!”며 맞서는 칸이치로에게 기세가 꺾인 사이토는 그냥 “솜씨 좀 보고 싶었다”고 둘러대며 훗날을 기약한다.
그러나 칸이치로는 점점 무사답지 못한 일면을 드러낸다. 사람들에게 일을 해결해 주는 대신 돈을 받는 것이다. 그가 이처럼 돈에 집착하는 이유는 바로 고향에 있는 가족 때문이다. 그의 가족들이 사는 동북 지방은 오랜 기근으로 기아에 허덕이고 있었는데 칸이치로는 그 지역에서 하급무사지만 교관으로 있었다. 하지만 그런 그에게도 가난은 피해 갈 수 없는 것이었다.
셋째 아이를 몸종으로 들여보내고 자살을 기도한 아내 시츠(나츠카와 유이)를 말렸을 때 그는 자신의 칼로 돈을 벌겠다고 결심한다. 그리고 어릴적 친구이자 조장인 ‘오노 지로에몬’의 만류를 뿌리치고 번을 탈출한 ‘칸이치로’는 흘러흘러 신선조에 들어왔지만 그가 바라는 건 단 한가지 고향의 아름다운 산천 속에서 사랑하는 아내와 아이들과 사는것이였다.
그렇게 물과 기름처럼 겉돌던 ‘사이토’와 ‘칸이치로’는 ‘사이토’의 여자 때문에 풀어지게 되고 두 사람은 서로가 존중하는 사이로 변해간다. 바로 그때 신선조의 분열이 현실로 다가온다. ‘쇼군’을 모시며 ‘의’를 중시하는 파와 새로운 권력을 잡은 ‘천황’파로 갈라서게 된 것이다.
그러나 선선조를 나온 ‘사이토’와는 달리 ‘칸이치로’는 녹봉을 배로 주겠다는 제의에도 불구하고 번(藩)을 나와 한번 저버린 의(義)를 두번은 저버릴 수 없다면서 단호히 거절한다. 결국 신선조로 다시 돌아온 ‘사이토’는 ‘칸이치로’와 함께 반역자들을 제거하게 되지만, 이미 시대의 대세는 멈출 줄 모른다.
교토의 치안을 책임지던 신선조의 임무가 해체되고, 정권을 천황에게 반환하는 대정봉환(大正奉還)이 이루어지지만 신선조의 무사들은 자신들이 모셨던 ‘쇼군’을 위해 전투에 참여한다. 그러나 자신들이 배신자로 몰리게 되고 천황의 부대 앞에 패해 목숨만은 살려주겠다는 말에 갑자기 한 남자가 분연히 칼을 들고 일어선다. 바로 고향에 가족을 묻어둔 칸이치로였다.
