브루스 웨인은 어린 시절, 부모님이 길거리에서 피살되는 것을 눈 앞에서 지켜본 후 죄의식과 분노로 늘 고통 받는다. 복수하고 싶은 욕망은 불타오르지만 명예를 지켜야 한다던 부모님의 가르침 사이에서 갈등하던 그는 악을 물리칠 방법을 터득하기 위해 고담시를 떠나 홀로 세상을 유랑한다.
적을 이기려면 적의 세계를 알아야 하는 법! 브루스는 범죄자들의 소굴에 섞여 생활하며 그들의 습성을 터득한다.그러던 중, 듀커드라는 수수께끼의 인물을 만나 정신적, 육체적인 수련법을 배우게 되고 듀커드는 브루스에게 ‘어둠의 사도들’에 가입하라는 제안을 한다.
듀커드가 속해있는 어둠의 사도들은 동양계 무술의 달인 라스 알굴이 이끄는 범죄 소탕 조직. 그러나 브루스는 눈에는 눈, 이에는 이라는 강경책으로 응징하는 이들의 방법이 자신과는 맞지 않음을 깨닫고 고담시로 돌아온다.
브루스가 떠나 있는 동안 고담시는 부패와 범죄로 파멸되어가고 있었다. 사회봉사라는 이념 하에 운영되었던 브루스 가문의 기업인 웨인 엔터프라이즈마저 전문 경영인 리차드 얼 이사의 손에 좌우되고 있었다. 얼 이사는 브루스 소유의 주식을 모두 매각하고, 기업을 증시에 상장하는 일을 추진 중이었던 것이다.
한편, 브루스의 소꼽 친구이자 검사보인 레이첼 도스는 갱단의 횡포에 골머리를 앓고 있었다. 부패권력과 밀착된 갱두목 팔코니가 고담시의 저명한 정신과 의사 크레인의 도움으로 레이첼이 기소하는 사건마다 교묘히 빠져나갔던 것.
레이첼에게 기소되는 부하들을 크레인의 병원에 입원시켜 면죄되게 해주는 대신, 그 대가로 수수께끼의 약품을 고담시로 밀반입시키는 이들의 결탁 속에서 고담 시민들은 점차 생존을 위협 받는다.
브루스는 악이 점령한 고담시를 되살리기 위해 충성스런 집사 알프레드와 청렴한 경찰 짐 고든, 그리고 웨인 기업의 응용과학 전문가 폭스의 도움을 받아 새로운 존재 ‘배트맨’으로 재탄생을 준비하는데…
