뉴욕에 사는 리틀씨 부부는 아들 조지를 위해 동생을 입양하기로 한다. 그러나 그들은 스튜어트라는 생쥐를 양자로 데려오고 동생을 원했던 조지는 이를 인정하지 않는다. 고양이 스노우벨 역시 스튜어트를 못살게 구는 바람에 리틀씨 부부의 사랑에도 불구하고 힘겨운 나날을 보낸다.
어느날 스노우벨의 추격을 피해 우연히 조지의 방에 들어간 스튜어트는 만들다 만 요트를 발견하고 조지를 도와 이를 완성한다. 그리고 온가족이 함께 요트경기에 참가한다. 경기에 출전하여 직접 요트를 운행한 스튜어트는 우승을 하고, 이를 계기로 조지는 스튜어트를 동생으로 인정한다. 이에 심술난 스노우벨은 부랑아 고양이들을 모아 스튜어트를 없앨 계획을 세우는데…
