미국, 프랑스 등지에 있는 마기 5대가 서로 파상공격을 시작하면서 네르프에 있는 마기가 해킹당하고 있었다. 마야나 아오바가 최대한으로 방어하지만, 슈퍼인공지능 컴퓨터는 마기 카피본 5대의 파상공격에는 당해내지 못하는 상황이다. 결국 네르프에서는 감금되어 있던 리츠코 박사를 다시 부른다.
리츠박사는 처음에는 자신을 감금한 것에 대해 불만을 표시하지만, 결국 겐도우의 명령에 따르고 예전 사도에게 사용한 캐스퍼의 방법인 마지막 로직 코드를 변경하여 완전 몰아내기로 간신히 마기를 복구한다. 그리고 666프로텍트와 B다낭형 방벽을 세워 62시간은 막을 수 있게 조치한다.
그러자 제레는 외부로부터의 해킹에 실패하자 이번에는 직접 본부 시설 점거를 시도한다. 본 자위대가 네르프를 공격하게 되고, 네르프를 서포트하는 통신망과 회선, 레이다가 모두 부서져 버린다. 곧, 엄청난 병력의 자위대가 들이닥치게 되고 네르프 직원들은 이들의 상대가 되지 못한다. 자위대의 목적은 본부 시설과 에바 2대의 직접 점거였고, 네르프는 아스카를 에바 2호기에 태워 지저 호수에 숨기지만 신지의 모습은 보이질 않는다.
이런 상황에서 갑작스레 겐도우는 후유츠키에게 경어를 쓰고, 후유츠키는 후유츠키대로 예전에 죽은 겐도우의 아내 유이에게 안부나 전해달라는 말을 한다.
천신만고 끝에 신지의 행방을 알아내지만 그때는 자위대에게 살해되기 직전이었다. 미사토가 권총 한 자루로 신지를 간신히 구해내지만 그도 치명상을 입는다. 이런 상황에서도 무기력감에 빠진 신지는 움직이려 하지 않는데…
