서기 2015년, 서울은 15년만에 다시 나타난 괴물체 ‘사도’에 의해 쑥대밭이 된다. 신지는 비밀기관 너브의 사령관인 아버지의 부름을 받고 서울에 도착한다. 아버지 도우는 신지에게 인조인간 로봇 ‘에바1호기’의 조종사가 될 것을 부탁한다. 그러나 신지는 평소 아버지에 대한 반발심으로 이를 거절하는데 사도의 공격이 거세지자 어쩔 수 없이 에바를 타기로 결심한다.
신지는 로봇이라곤 다뤄보지 못한 풋내기 소년. 그렇다면 이 어린 소년에게 지구방위의 중책을 맡길 수 밖에 없었던 이유는 무엇일까? 그리고 ‘사도’라는 괴물체의 정체는…
