1839년 겨울. 칠흙같이 어두운 어느 날밤, 세찬 비바람이 몰아치는 가운데 53명의 흑인은 아미스타드호에서 반란을 일으킨다. 반란 주모자인 신케이와 흑인들은 항해를 계속할 선원2명을 제회한 모든 백인들을 무참히 살해한다. 그들의 목적은 오직 아프리카로 돌아가려는 것. 살려둔 2명의 선원에게 키를 맡겼으나 그들의 간계 때문에 흑인들은 두달 뒤 코네티컷 해안에서 미국의 해군 함대에 붙잡히고 선원들을 살해한 혐의로 감옥에 갇힌다.
흑인해방운동가인 테오도르 죠드슨(모건 프리먼)은 이들을 아프리카로 돌려보내기 위해 변호사 로저 볼드윈(매튜 맥커너히)에게 찾아간다. “노예는 재산”이라는 통념에 따라 이 사건의 승소를 위해 재산 관련 소송 문제로 변호하기 시작한다. 그러나 신케이를 만나면서 점차 자신들은 노예가 아니라는 그들의 주장에 공감하게 되는데…
