메디컬 닥터 샘 다니엘즈는 미 육군의 전염병 연구의료기관 소속으로 직속 상관인 빌리 포드장군으로부터 아프리카 오지로 들어가 의학사상 밝혀진 바가 없는 치명적인 바이러스균을 조사하라는 명령을 받는다. 열대 정글의 심장부까지 들어간 샘은 이 위험한 바이러스균이 미국 전역에도 퍼질 수 잇다는 결론을 내리게 된다. 그러나 포드 장군은 아무런 설명도 없이 샘에게 조사를 중단하라는 갑작스런 명령을 하달한다.
한편 자이레이 있던 감염된 원숭이 한 마리가 실험용 동물로 잡혀오나 산 호세에 있는 검역소에서 일하는 짐보라는 청년이 이를 빼돌려 북캘리포니아의 시더 크릭이라는 작은 마을에 파려다 못팔고 숲에 놓아준다. 그는 원숭이와 접촉으로 바이러스에 감염된 채 애인을 만나러 보스톤에 오지만 곧 독극물 쇼크와 같은 치명적인 증상으로 쓰러진다.
로비가 보스톤에 두 명(한 명은 키스를 통해 감염된 짐보의 애인임)의 환자가 발생했다는 보고를 받고 달렸갔을 땐 이미 짐보는 죽은 후였다. 짐보를 부검한 로비는 그의 내장들이 끔찍하게 녹아있음을 발견하고, 샘에게 연락한다.
한편 원숭이를 사려던 시더 크릭의 루디라는 가게 주인도 원숭이가 할퀸 상처로 감염되고 그의 혈액을 조사하던 헨리 세워드라는 병원 직원도 실수로 인해 바이러스에 접촉된다.
이어서 극장에서 헨리에 의해 시더 크릭의 마을 주민 수십여 명이 공기를 통해 감염돼 독감 같은 증세를 보여, 보스톤의 두 사람 밖에 감염자가 없음에 안도하던 로비를 경악시킨다.
한편, 샘은 상부에 이를 경고하지만 계속 거절당하자 명령을 어기고, 군대를 동원하여 봉쇄된 시더 크릭으로 날아간다. 샘은 군부가 30년전 모타바 바이러스를 추출, 생물학적 무기로 개발해 치료제를 보유하고 있음에도 불구하고 생물학 무기의 보안을 위해 사용하지 않고 숨겨온 것을 알고 분노하는데….
