707 부대 최정예 대원이었던 ‘김현준(이병헌)’과 ‘진사우(정준호)’는 변치 않는 신뢰와 우정을 약속한 둘도 없는 친구이다. ‘현준’은 어린 시절 사고로 부모를 잃고 그 충격으로 부모에 대한 기억이 없을 뿐만 아니라 그로 인해 언제나 마음 한구석에 외로움을 가진 채 살고 있었다. 그런데 그 빈자리를 친구 ‘사우’가 채워주었다. 두 사람은 요원 선발을 위해 707 부대를 찾은 국가안전국(NSS)의 눈에 띄어 최고 요원으로 활동하게 되고 그곳에서 만난 요원 ‘최승희(김태희)’에게 동시에 호감을 갖게 된다. 하지만 ‘현준’과 ‘승희’는 어느새 특별한 관계로 발전하고, ‘사우’는 자신의 감정을 애써 감추며 현준을 위해 두 사람을 축하해 준다.
NSS 동료들의 눈을 피해 몰래 사귀게 된 ‘현준’과 ‘승희’는 일본으로 여행을 다녀오고, 한국으로 돌아온 두 사람은 곧 사우와 함께 임무 수행을 위해 헝가리로 떠나게 된다. 환상적인 팀워크로 성공적인 임무를 완료하고 자축하던 중 ‘현준’에게 누군가 은밀히 만나자는 메시지가 수신된다. ‘현준’을 기다리고 있던 NSS 간부인 백산은 그에게 위험한 단독 임무를 부여하고 ‘현준’은 이번 임무가 쉽지 않은 일임을 직감한다. 경호팀의 삼엄한 호위에도 불구하고 ‘현준’은 임무를 성공적으로 수행하지만 경호를 하고 있던 ‘철영(김승우)’과 ‘선화(김소연)’의 공격으로 부상을 입고 도망치게 된다.
숨막히는 추격전 끝에 인가에 몸을 숨긴 그는 믿었던 친구 ‘사우’에게 충격적인 배신을 당하게 된다. ‘사우’의 배신으로 총상을 입은 ‘현준’은 ‘승희’의 도움으로 탈출을 시도한다. 하지만, 중간에서 ‘승희’를 놓치게 되고 ‘현준’도 그를 쫓는 요원들에 의해 타고 있던 차량이 폭발하는 사고가 벌어져 서로가 죽었다고 오해하게 된다. ‘현준’은 정체를 알 수 없는 ‘목소리’에 의해 목숨을 구하고, 그에게 ‘아이리스’라는 비밀집단의 존재에 대해 듣게 된다.
‘아이리스’와 자신의 일과의 연관성에 복잡한 심경을 안고 현준은 일본으로 건너가고 자신을 이런 상황에 빠지게 만든 ‘백산’에게 복수하기 위한 준비를 시작한다. 하지만 일본에서도 정체 모를 냉혹한 킬러 ‘빅(T.O.P)’에게 쫓기고, 일본 내각실 요원에게 체포되어 불안하고 위험천만한 상황에 처하지만 언젠가 찾아올 반격의 시간을 기다리며 끈질긴 삶을 지속하게 된다. 한편 ‘현준’이 죽었다고 생각하는 ‘승희’는 항상 곁에서 자신을 지켜주던 ‘사우’에게 ‘현준’의 자리를 내어주게 된다.
1년 뒤, 통일을 앞둔 한국으로 ‘현준’이 돌아온다. 배신감과 상실감으로 악몽 같은 시간을 보낸 ‘현준’이 그를 그렇게 만든 자들에게 복수하기 위해 돌아온 것이다. 대통령의 도움으로 다시 NSS에 복귀한 ‘현준’은 자신의 수행원이 된 북측 최고의 요원이었던 ‘선화(김소연)’와 함께 한반도의 통일을 방해하려는 세력을 막기 위해 움직이기 시작한다.
북측의 국방위원회 호위팀장 ‘박철영(김승우)’ 또한 남한으로 파견되고 ‘철영’은 ‘현준’을 수년간 쫓아왔던 북한 공작원이자 얼마 전 남쪽으로 귀순한 ‘선화’의 흔적을 추적한다. ‘현준’은 통일준비위원회 발족식을 무사히 거행시키기 위해 발족식이 열리는 부산 벡스코 현장을 철저히 봉쇄한다. 통일을 방해하려는 세력 ‘아이리스’라는 비밀단체에 대항해 거대한 싸움을 시작한 ‘현준’은 모든 것을 건 마지막 싸움을 시작한다.
