탐사우주선의 여전사 리플리는 퀸 에이리언이 있던 혹성을 폭파한 뒤 귀환을 시도한다. 그러나 그녀가 냉동캡슐 안에 잠들어 있는 동안 우주선에 붙어 있던 에이리언 알이 부화한다. 설상가상으로 냉동설비에 화재가 발생, 우주선은 퓨리나 161이란 중범죄자 수용 혹성에 불시착한다. 거대한 납제련소인 이곳엔 살인, 강간범 등 25명의 중죄수가 사역중이며 이들의 속성상 무기라고는 전무한 상태.
한편, 급속히 성장한 에이리언은 죄수들을 무참히 살해하는 것을 시작으로 공격을 개시한다. 이제까지 뒤에서, 혹은 밑에서, 깜짝 놀라게 튀어나오곤 하던 에이리언은 인간의 얼굴 정면으로 달려들어 순식간에 참혹한 몰골로 만들어 버린다. 이런 만행에서 유일한 예외는 아이러니칼하게도 에이리언을 누구보다 증오하는 리플리. 이를 수상히 여기던 리플리는 자신의 몸 안에서 퀸 에이리언의 종자가 자라고 있다는 사실을 알고 경악하는데…
