러시아에 빌려준 차관 대신 현물로 받아온 핵잠수함 유령. 그곳에 지상에서 이미 신분이 말소된 사람들이 있다. 함장 000, 부함장 202, 그리고 431로 불리는 찬석도 그중 한명. 잠수함 유령에 관한 모든 것은 일체 비밀에 부쳐져 있다. 심지어 승무원들도 이름은 없고 단지 번호로만 불리는 유령같은 인물들이다.
한편 부함장 202와 장교들의 반란으로 함장이 살해되고, 202는 강대국의 꼭두각시에 불과한 한국정부에 대한 불만을 터뜨리며 찬석에게 뜻을 같이할 것을 요구한다. 그의 목표는 일본 열도를 향해 핵탄두를 발사하는 것. 이때부터 이를 저지하려는 찬석과 전쟁에 불씨를 붙이려는 202와의 숨막히는 싸움이 핵잠수함 유령 안에서 팽팽하게 펼쳐진다.
