작은 키에 여려 보이는 유희는 학생이자 듀얼리스트이다. 어느 밤, 유희는 할아버지가 선물해주신 고대 이집트의 공예품 천년퍼즐을 맞추는데 성공하고, 이는 사막 아래 깊이 잠들어 있던 고대 악마 아누비스를 깨어나게 한다. 유희는 천년퍼즐을 맞추면서 ‘어둠의 유희’라는 강한 자아를 갖게 되고, 이로 인해 왕년의 챔피언인 카이바를 물리치고 듀얼 몬스터즈 카드게임 세계 챔피언으로 국제적인 주목을 받기 시작한다.
어둠의 유희가 가지고 있는 이집트 신의 카드로 인해 챔피언의 자리를 빼앗긴 카이바는 유희에 대한 앙심을 품고 듀얼몬스터 카드게임의 창시자인 페가수스를 찾아가 이집트 신의 카드를 이길 수 있는 방법을 알아 내기 위한 대결을 벌인다.
한편, 5,000년 전 어둠의 유희에 의해 패망하여 잠들었다가 다시 깬 고대 악마 아누비스는 오래 전 자신의 세계종말계획을 방해한 어둠의 유희에게 복수를 결심하고 이를 위해 승부욕에 눈 먼 카이바를 이용, 유희와 위험한 대결을 하게 만든다.
이런 아누비스의 계략을 눈치채지 못한 카이바는, 페가수스에게서 얻어낸 카드를 가지고 유희에게 정면대결을 신청한다. 카이바의 배틀돔에서 마주 선 어둠의 유희는 본능적으로 무언가 이상한 기운을 눈치채지만 승부에 집착하는 카이바의 강요에 못 이겨 대결에 임하게 된다.
둘의 대결은 파국을 향해 치닫고, 카이바는 마침내 품고 있던 빛의 피라미드 카드를 꺼내 든다. 순간, 어둠의 유희가 가진 이집트 신의 카드는 힘을 잃게 되고, 이를 지켜보던 친구들과 본래의 유희는 고대 이집트의 공예품인 천년퍼즐 안으로 빨려 들어가는데..
한편, 이상한 기운을 느껴 카이바를 찾아 왔다가 이를 본 페가수스는 아누비스와 빛의 피라미드가 가진 비밀을 조금씩 알게 되지만, 이미 유희와 친구들은 천년퍼즐 안의 죽음의 미로에서 길을 잃고 헤매고 있는 상황.
어둠의 유희는 카이바와의 카드대결이 단순한 카드게임이 아닌 실제 생명에너지까지 파멸시키는 죽음의 게임이라는 것을 깨닫게 되고 카이바를 말리려 한다. 마침내 아누비스는 자신의 계획대로 게임이 진행되지 않자 본 모습을 드러내는데…복수심에 불타는 아누비스의 파괴적인 힘에 대항한 유희는 마지막 결전에서 친구들과 전세계를 구할 수 있을 것인가?
