상냥하고 의젓한 사츠키와 장난꾸러기에 호기심 많은 메이는 사이좋은 자매다. 둘에게는 도쿄에서 대학 연구원으로 일하는 자상한 아빠와 지금은 입원 중이지만 따뜻한 미소를 잃지 않는 엄마가 있다. 엄마의 병세가 호전되자 자매는 아빠를 따라 엄마가 퇴원 후 요양할 수 있는 한적한 시골로 이사한다.
도토리 나무가 우거진 숲 한 복판에 위치한 다 쓰러질 것처럼 낡은 집, 자매는 두려움을 느끼지만 집 안 구석구석을 청소하면서 새로운 생활에 마음이 설레인다. 학교에 다니는 언니 때문에 항상 혼자인 메이는 어느날 신기하게 생긴 작은 동물을 쫓아 숲 속을 헤매다가 도토리 나무의 요정인 ‘토토로’를 만난다. 메이는 사츠키가 돌아오자마자 ‘토토로’를 만난 것을 자랑하지만 사츠키는 믿지 않는다.
그러나 비가 몹시 쏟아지던 날, 정류장에서 우산을 들고 아빠를 기다리다가 사츠키도 토토로를 만나게 된다. 비를 맞은 토토로에게 우산을 빌려주자 토토로는 답례로 도토리 씨앗을 건넨다.
토토와의 만남으로 행복감에 부풀어 있는 사츠키와 메이, 그러나 그때 병원에서 어머니의 퇴원이 연기되었다는 전보가 온다. 불안해 하는 메이는 혼자 엄마를 찾아 병원으로 떠났다가 길을 잃는다. 온 동네를 뒤졌지만 메이는 흔적조차 없고 저수지에선 어린 여자아이의 샌달이 발견된다. 사츠키는 메이를 찾기 위해 애타게 토토로를 부르는데…
