인디아나 존스 박사는 만주족 시조의 유골이 있는 보물을 둘러싸고 라오 일당과 협상하기 위해 상해에 와있다. 그러나 그는 이 협상 도중 죽음의 위기에 몰리게 되고 우연히 쇼걸인 윌리와 꼬마 택시운전수 소년의 도움으로 탈출하게 된다. 그러나 탈출 도중 비행기가 추락하여 티벳의 샤만 마을에 가게된다. 그리고 여기서 예기치 못한 모험 속에 뛰어들게 된다.
하늘에서 떨어지는 이들을 본 마을 사람들은 존스 박사 일행을 구세주로 여겨 자신들이 빼앗겨 현재 판코드 궁 어딘가에 있는 신비의 돌을 찾아 달라고 부탁한다. 존스는 신비의 돌을 찾고 밀교 일당에게 잡혀간 마을 어린이들을 구하기 위해 전설의 미궁을 찾아간다. 일행은 그 미궁에 도착하여 그 비밀집단이 산 사람을 제물로 바치는 비밀종교 집단이라는 사실을 알게되는데…
