1912년 미국 유타주. 보이스카웃 활동을 하던 소년 인디는 골동품 밀매조직의 소굴을 발견하고, 16세기경에 제작된 십자가 목걸이를 빼앗아 달아난다. 밀매조직의 끈질긴 추격에 인디는 서커스단 순회열차에 올라타고, 훗날 위기를 당할때마다 사용하는 채찍과 중절모를 얻게 된다. 세월이 흘러 나치정권이 극성을 부리는 1938년. 고고학자로 성장한 인디아나는 평생동안 성배를 찾는데 몰두했던 아버지 헨리 존스가 나치의 비밀경찰에 납치됐다는 소식을 듣고 베니스로 날아간다.
그는 여기서 매력적인 고고학자 엘사와 함께 지하묘지로 내려가 성배를 찾을 수 있는 단서를 얻고, 오스트리아로 가서 아버지를 구해낸다. 이들 부자는 다시 최후의 만찬때 사용된 성배를 찾기위해 중동의 오지로 날아가나 결정적인 순간마다 나치일당이 나타나 괴롭힌다. 생명의 위협을 극복하고 천신만고 끝에 고대신전에 도착한 이들앞에는 엄청난 사건이 벌어진다.
