1327년. 이탈리아에 있는 베네딕트 수도원에서 그림 그리는 수사 아델모가 시체로 발견된다. 그런데 이 수도원에는 당시 청빈을 주장하는 프란시스코 수도회와 그를 반박하는 교황청 및 다른 교단들의 반목을 해결하기 위해 각 교단이 모여 토론이 열리기로 되어 있었다. 여기에 프란시스코 수사인 윌리엄이 제자 아조를 데리고 이곳에 들른다.
뛰어난 두뇌의 소유자 윌리엄이 수도원이 심상치 않음을 간파하자 수도원장은 윌리엄에게 이 사건을 해결해 달라고 요청한다. 그러던 중 그리스어 번역사가 다시 살해되고 요한 계시록의 예언대로 죽음을 맞자 수도원 전체는 악마의 역사가 시작됐다고 공포에 사로잡힌다.
서고를 은밀히 지키던 윌리엄과 아조는 한밤중에 도서관에서 누군가 책 한권을 훔쳐 달아나는 것을 목격하고 뒤를 밟는다. 하지만 그들이 발견한 것은 주방에서 정사를 벌이고 있는 마을처녀와 수도승. 윌리엄은 암호가 적인 양피지를 발견, 사서를 제외하고 아무도 못들어 간다는 도서관에 비밀의 열쇠가 있다고 판단, 잠입을 시도하지만 실패한다.
한편 윌리엄은 죽은 수사마다 혀와 손가락 끝에 검은 잉크자국이 베어 있는 것을 발견한다. 그러던 중 이단 심문에서 유죄로 선고된 두 수도승과 마녀로 선고된 마을처녀가 묶여 화형을 당하게된 순간, 윌리엄은 결국 서고탑 안으로 들어가게 되는데…
