푸른 바다 위를 날으는 한 무리의 갈매기떼. 무수히 많은 갈매기들 중에 유난히 높이 나르려는 갈매기가 있다.바로 이 영화의 주인공 죠나단 리빙스턴 시걸이다. 유난히 높이 날으려는, 물고기를 잡고 가족을 이루며 사는 것보다 유난히 날으는 것에 몰두하는 죠나단을 다른 동료 갈매기들은 이해하지 못하고, 끝내 무리에서 추방한다.
자신의 힘찬 날개짓을 믿고 하늘높이, 높이만 올라가던 죠나단은 우연히 다른 무리의 갈매기떼를 만나 합류하여 날게 되는데…그 무리들 속에 어울리면서 죠나단은 사람들에게는 인생으로 비유될만한 ‘날으는 것의 본질’을 깨닫게 된다.
