어느날 밤, 구름사이로 날아가는 비행선에 정부기밀조사기관의 무스카에게 연행되는 소녀 치타의 모습이 있었다. 무스카는 하늘에서 떨어진 의문의 물체를 조사하다가 그것이 전설의 ‘라퓨타 제국’의 로봇병사라는 것을 밝혀냈다. 그리고, 북쪽 끝에 있는 곤도아에 사는 시타가 가진 ‘비행석’이 라퓨타의 비밀을 벗겨내는 열쇠라는 것을 알았다.
갑자기 습격을 당한 비행선. 해적 도라도 ‘비행석’을 노리고 있었다. 치열한 전투중에 시타는 비행선 밖으로 도망을 치지만, 그만 미끄러져 지상으로 떨어지고 만다. 그녀를 구한 것은 ‘비행석’이었다. 시타가 정신을 잃고 있을때, 목에 걸고 있던 목걸이가 불가사의한 빛을 발하자 시타는 하늘에 떠 있는 것처럼 천천히 하강하기 시작하였다. 시타를 구한 파즈는 자신의 집으로 시타를 데려가는데…
