지구 곳곳에 나타난 이상한 아치를 조사하기 위해 케로로 소대가 전 세계에 파견된다. 프랑스, 미국, 호주, 아프리카에 파견된 이들은 밤낮없이 아치 조사에 여념이 없는데. 한편, 프랑스로 떠난 ‘타마마’는 나라의 오랜 친구인 ‘시온’의 대저택에 머무는데, 양친을 잃고 외롭게 지내는 미스터리한 친구, ‘시온’은 ‘나라’에게 “곧 새로운 가족이 생길 거야.” 라는 의미심장한 말을 한다.
그날 밤 ‘타마마’가 사라지고 지구 곳곳에 파견된 소대원이 하나 둘씩 사라지기 시작 하자 ‘케로로’와 ‘우주’, ‘한별’은 위기를 느끼고 프랑스의 몽생미셀로 떠나게 된다. 과연 ‘케로로 소대’의 운명과 퍼렁별은 어떻게 될 것인가?!
