단란한 일가가 휴가 여행을 떠났다가 참변을 당한다. 소년이 보는 앞에서 아버지와 어머니가 모두 무참히 살해당한 것이다. 공포에 빠진 소년 패트릭은 충격에서 헤어나지 못하고 기억을 잃어버리고 만다. 남아있는 것은 피투성이가 된 채 널부러진 두 남녀의 시체 뿐. 경찰은 패트릭의 부모님이 서로 다투다가 남편이 부인을 살해하고 자신도 자살했을 것이라고 추정하지만, 아무런 근거도, 납득할만한 동기도 찾지 못하고, 사건은 미궁에 빠진다.
한편, 집으로 돌아온 패트릭이 계속되는 악몽에 시달리며 괴로워하자, 보다못한 그의 할머니는 정신과 의사를 찾는다. 열의가 넘치고 적극적인 정신과 의사 빅토리아는 조심스럽게 패트릭에게 접근을 시도하고, 그를 돕기 위해 사건이 일어났던 섬에 가보자고 제안한다. 충격을 받았던 곳으로 돌아가면 당시의 기억을 떠올리고 끔찍한 경험을 극복할 수 있으리란 것이다.
그러나, 섬에 도착한 지 오래지 않아 빅토리아는 자신이 커다란 실수를 저질렀음을 깨닫게 된다. 그녀의 말대로 패트릭은 기억을 되찾았지만, 그와 동시에 그들 앞에는 무시무시한 괴물이 나타난 것이다. 시퍼렇고 거친 표면, 날렵한 눈, 시뻘건 혀를 가진 이 괴물이 바로 패트릭의 부모님을 집어삼킨 괴수였다. 놈은 끔찍한 외모에 걸맞게 가공할 만한 힘으로 두 사람을 공격해온다. 이 흉측한 괴물은 바로 ‘코모도 공룡’으로 이미 지구상에서 멸종되었다고 믿어졌던 공룡이었으나, 황량한 외딴 섬에서 번식에 번식을 거듭해왔던 것이다. 그 사이 패트릭의 부모님 뿐 아니라 수 명의 목숨이 그들의 먹이로 희생되어왔으나, 외부에선 아무도 그들의 존재를 알지 못했다.
그 곳에서 중요한 프로젝트를 수행 중이던 석유회사가 이 모든 사실을 은폐해왔기 때문이다. 더욱이, 석유회사는 그 곳에 코모도가 서식한다는 사실을 발견한 후, 환경론자들의 방해를 사전에 방지하기 위해 코모도들을 쥐도 새도 모르게 제거하기로 한다. 바로 코모도를 없애줄 사냥꾼을 고용한 것.
코모도 사냥꾼들을 만난 빅토리아와 패트릭은 그들과 동행하여 위기를 피하고자 하지만, 석유공장의 오염으로 인해 먹이가 모두 사라진 코모도들은 난폭하게 달려들고 피해자는 하나 둘 늘어만 간다. 코모도 사냥꾼과 목격자들마저 제거하면서까지 이 일을 완전히 비밀에 붙이려는 석유회사 측은 지원 병력은 커녕 구조팀조차 보내오지 않고, 빅토리아와 패트릭, 그리고 코모도 사냥꾼 오츠는 장총 한 자루에 의지하여 밀려드는 코모도 무리에 맞서는데.
